浙江中医药大学动物实验研究中心/比较医学研究中心为浙江省的动物实验研究基地，浙江省医学实验动物学重点学科建设单位、浙江省中医药实验动物学重点学科、浙江省中医药实验动物学重点实验室，现有动物实验设施2300M2，包括具有标准化的动物实验饲养设施1750M2和免疫缺陷转基因动物实验室、比较医学实验室550M2，持有实验动物屏障环境使用许可证。中心配备了进行动物手术、生理、解剖以及血液学、血液生化、尿生化、组织病理、免疫学等研究所需多导生理记录仪、心外膜电图系统、电磁血流仪、生物信号处理系统、大鼠尾动脉血压仪、血液流变仪、血小板聚集仪、血凝仪、动物血球分析仪、生化分析仪、血气/电、尿液分析仪、石蜡切片机、石蜡包埋机、组织脱水机、染片机、呼吸机、高速冷冻离心机、超低温冰箱、细胞活力测定仪、荧光倒置显微镜等动物实验专用的仪器设备。中心下属普通级兔生产基地6000M2和普通级豚鼠生产基地1000M2，年生产实验兔1万只、豚鼠8千只，持有普通级兔生产许可证和普通级豚鼠生产许可证。
中心现有固定技术人员28人，专职从事实验动物的教学、科研和动物实验的管理工作，具有高级职称3人、初、中级技术人员15人，高级饲养技术及其他人员8名，其中博士3人、硕士5人、大学本科12人，大中专及其他人员8名，实验室管理制度和动物实验操作技术规程175份。中心工作职责：1、坚持以教学、科研为中心，提供合格的实验动物和标准化的动物实验条件，满足教学、科研的需要。2、开展动物实验前的准备、动物实验的饲养观察、动物实验的基本操作、动物血液生理生化、组织病理学的检查、实验数据的处理、统计及资料整理等规范化、社会化服务；3、以比较外科学和比较药理学为特色开展比较医学研究，以提高实验室研究结果与临床的符合率为目标，充分发挥和开发实验动物科学在医学领域中功能和应用，提高实验动物和动物实验的科学技术水平；4、以科学的态度、规范的意识、严谨的学风和求实的精神，理论与实践相结合，开展《医学实验动物学》、《比较医学》的教学和动物实验技术人员的培训工作，努力提高动物实验技术人员的业务素质。
十五期间承担和参加了 “PPAR-γ激动剂及其它先导化合物分子设计”（国家863项目）、“心气虚证动物模型的研制”（国家科技部）、“心气虚证动物模型的规范化和比较学研究”（国家中医药管理局）、“WHBE兔封闭群的建立及其生物学特性的研究”（省卫生厅）、“白毛黑眼兔的实验动物化及其在生物医学中的应用”（省科技厅）、“评价和筛选尖锐湿疣药物模型的研究”（省自然基金）等国家级、省部级和厅局级以及横向各类研究课题50多项，进行了50多种人类疾病动物模型的制备和研究，申请动物实验方法发明专利3项，为新药的药效学研究开发奠定了基础。中心以白毛黑眼兔和豚鼠作为原种进行实验动物新品种品系的培育、以中医证动物模型和糖尿病、肥胖病、高血脂等代谢性障碍疾病模型特色进行人类疾病动物模型、以比较外科学和比较药理学为特色的比较医学为三大主要研究方向。中心以动物实验管理的规范化和动物实验的操作技术为研究的技术优势，专业化的动物实验仪器设备为研究的条件优势，充分发挥实验动物科学在生物医学领域中功能，努力提高实验室研究结果与临床的符合率。