浙江省卫生厅药品检验所成立于1957年6月，1962年改名为浙江省药品检验所，隶属于浙江省卫生厅。2000年12月机构改革承建制划归浙江省药品监督管理局（现浙江省食品药品监督管理局），2007年7月更名为浙江省食品药品检验所。2000年5月由国家药品监督管理局（现国家食品药品监督管理局）授权为中华人民共和国浙江口岸药品检验所。2001年9月，国家药品监督管理局浙江医药包装材料质量检测站（2003年8月更名为国家食品药品监督管理局浙江药品包装材料检验中心）、浙江省药用包装材料质量监测中心并入浙江省药品检验所。2011年7月，由浙江省机构编制委员会同意增挂浙江省保健食品化妆品检验检测中心。2012年4月更名为浙江省食品药品检验研究院。现浙江省食品药品检验研究院、中华人民共和国浙江口岸药品检验所、国家食品药品监督管理局浙江药品包装材料检验中心、浙江省药用包装材料质量监测中心和浙江省保健食品化妆品检验检测中心为五块牌子，一个机构，是浙江省食品药品监督管理局依法设置、国家食品药品监督管理局授权的药品、保健食品和药品包装材料技术监督检验机构，是具有独立法人资格的纯公益类事业单位，承担药品、食品、保健食品、化妆品、药品包装材料的评价性检验、监督检验、注册检验、委托检验、进口检验、仲裁检验以及质量标准的起草、复核和修订等工作。

    本院现有在编职工132人，其中专业技术人员占全所职工总数的80%以上，博士学位和硕士学位拥有者约占专业技术人员的50%。内部机构设有办公室、人事教育科、业务科、质量管理科、科研管理科等职能科室和化学药品室、中药室、抗生素室、药品包装材料室、药理室、保健食品化妆品（食品）室等检验科室，科室内设实验动物中心、中药标本室、图书室、档案室、会计室和电脑室。实验室拥有液质联用仪、气质联用仪、电感耦合等离子体质谱仪，配有各类检测器的高效液相色谱仪和气相色谱仪、红外分光光度计、近红外分光光度计、原子吸收分光光度计、双道原子荧光光度计、荧光分光光度计、薄层色谱扫描仪、血液分析仪、全自动生化分析仪、微波消解仪、CO₂超临界提取仪、气体透过测定仪、应力测定仪等400余台先进仪器设备。现有办公、实验用房7000多平方米。

    本院于1991年10月通过省计量认证， 2004年4月通过国家实验室认可，2012年2月首次获得食品检验机构资质认定。目前检测能力范围涉及药品、生物制品、兽药、食品、保健食品、化妆品、医疗器械、洁净区室环境、食品药品包装材料等理化和生物检测领域。依据《实验室资质认定评审准则》、《食品检验机构资质认定评审准则》和《检测和校准实验室能力认可准则》（等同采用ISO/IEC17025：2005）建立的《质量手册》，是我院实施体系管理长期遵循的准绳，以不断提升我院的管理水平和检测能力。